安徽華皖種業有限公司（以下簡稱華皖公司）成立于2004年6月，2017年之前是安徽隆平高科種業有限公司旗下的全資子公司，屬法人獨資的有限責任公司，注冊資本3000萬人民幣。2017年6月緣于隆平高科加盟央企中信集團后內部管理體制改革，小麥專業公司正式從安徽隆平高科種業有限公司里分離出來，由安徽隆平的子公司升格為中信集團隆平高科控股的子公司，并沿用華皖種業的名稱。